In de beleid- en begrotingsanalyse die de Europese Commissie voor Nederland heeft opgesteld, staat stevige kritiek op het topsectorbeleid van minister Verhagen. Brussel laakt de bezuiniging van de overheid op onderzoek, in het bijzonder fundamenteel onderzoek: ‘Het negeren van fundamenteel onderzoek en het bevorderen van toegepast onderzoek kan op lange termijn de groeivooruitzichten van de economie schaden. Wat dat betreft is het zorgwekkend dat de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek in het kader van de ‘topsector’-aanpak [sic] een aanzienlijk deel van de middelen voor fundamenteel onderzoek heeft bestemd voor toegepaste doeleinden’, citeert Scienceguide uit het rapport. De EC vraagt zich verder af hoe de doelmatigheid van het beleid moet worden vastgesteld. ‘Het is niet duidelijk of de investeringen in onderzoek en ontwikkeling die door een aantal topsectoren zijn beloofd niet gewoon investeringen zijn die de bedrijven ook zonder het nieuwe beleid hadden gedaan.’ Als het topsectorbeleid meer investeringen moet uitlokken, zoals minister Verhagen graag wil, is dat met andere woorden nauwelijks te meten. Een derde kritiekpunt is dat de topsectorenaanpak vooral sterke bedrijven en regio’s steunt. ‘Regio’s met een hoger ontwikkelingsniveau profiteren het meest van de middelen die door dit ‘topsector’-beleid [sic] beschikbaar worden, zodat de innovatiekloof tussen de regio’s breder kan worden.’